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2020’05.02・Sat

愛宕山と赤禿からシュードモナス属の土壌細菌2種が見つかりました

2017/01月にグローバルスポーツの西谷カナさんが大島三原山をガイドした研究者の論文が2019/10/09日提出 2020/03/03に承認されました。論文の一部分です。
Marine Biotechnology welcomes high-quality research papers presenting novel data on the biotechnology of aquatic organisms. The journal publishes high quality papers in the areas of molecular biology, genomics, proteomics, cell biology, and biochemistry, and particularly encourages submissions of papers related to genome biology such as linkage mapping, large-scale gene discoveries, QTL analysis, physical mapping, and comparative and functional genome analysis. Papers on technological development and marine natural products should demonstrate innovation and novel applications
Pseudomonas atagosis sp. nov., and Pseudomonas akappagea sp. nov., New Soil Bacteria Isolated from Samples on the Volcanic Island Izu Oshima, TokyoYuh Morimoto, Kazuki Uwabe, Mari Tohya, Keiichi Hiramatsu, Teruo Kirikae & Tadashi Baba
Abstract
During the exploration of microbial natural resources, two strains of Pseudomonas, PS14T and PS24T, were isolated from samples taken from Izu Oshima, a volcanic island located 120 km southwest of central Tokyo. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences showed that PS14T was most similar to Pseudomonas baetica a390T (99.6%) and Pseudomonas helmanticensis OHA11T (99.5%), and that PS24T was most similar to Pseudomonas qingdaonensis JJ3T (98.8%) and Pseudomonas lutea OK2T (98.7%). The major fatty acids of these two strains were C16:0 and C17:0 cyclo, summed feature 3 (C16:1 ω6c and/or C16:1 ω7c), and summed feature 8 (C18:1 ω7c and/or 18:1 ω6c). The phylogenetic analyses, DNA-DNA hybridization results and phenotypic traits indicated that PS14T and PS24T constitute two novel species, Pseudomonas atagosis sp. nov. (type strain PS14T = CECT 9940T, = LMG 31496T) and Pseudomonas akappagea sp. nov. (type strain PS24T = CECT 9941T, = LMG 31497T), respectively. The sequence data of the draft genomes of PS14T and PS24T were deposited in the GenBank database under accession numbers VXCA00000000 and VXCP00000000, respectively, and the sequence data of their 16S rRNA genes were deposited in the GenBank database under accession numbers MN396717 and MN382268, respectively.



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Acknowledgements
This study was supported by Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research (KAKENHI Grant No. JP26650135 issued by Japan Society for the Promotion of Science), and the MEXT (Ministry of Education, Culture, Sports and Technology)-supported Program for the Strategic Research Foundation at Private Universities (S1201013). The funders had no role in study design, data collection and interpretation, or the decision to submit the work for publication. The genome sequence data of P. helmanticensis OHA11T was produced by the US Department of Energy Joint Genome Institute (https://www.jgi.doe.gov/) in collaboration with the user community. We thank Dr. Tadao Kunihiro of Techno Suruga Laboratory Co., Ltd for providing technical assistance and Ms. Kana Nishitani of Global Nature Club for acting as a professional field guide and sharing her geographical knowledge of Izu Oshima.
謝辞
この研究は、挑戦的探索研究助成金(日本学術振興会発行の科研費助成番号JP26650135)、および文部科学省が支援するプログラム 私立大学の戦略的研究財団(S1201013)。 資金提供者は、研究のデザイン、データの収集と解釈、または出版のために作品を提出するという決定に関与していませんでした。 P. helmanticensis OHA11Tのゲノムシーケンスデータは、米国エネルギー省共同ゲノム研究所(https://www.jgi.doe.gov/)がユーザーコミュニティと共同で作成しました。 テクノスルガラボラトリーの国広忠雄博士に技術支援を、グローバルネイチャークラブの西谷カナさんにフィールドガイドとして伊豆大島の地理的知識を共有していただきました。

研究者は順天堂大学大学院 医学研究科感染症制御科学研究センター(平松啓一教授)の先生方と生徒さん。 西谷さんの三原山ガイドでの愛宕山・赤禿の情報をもとに 2017/01月に 伊豆大島 8か所から土壌をサンプリング サンプルは1か所から約0.5g 8箇所で約5gの地表が採取されました。そのうち愛宕山と赤禿の2か所からシュードモナス属の新規種 2種が発見されました。atagosis PS14Tとakappagea PS24Tと命名されました。愛宕(北緯34度77分06秒、東経139度35分98秒)および赤禿(北緯34度77分50秒、東経139度34分99秒)

土壌には多種多様な微生物が存在し、その数は1グラムの土壌に約100~1000万にもなるといわれています。細菌(バクテリア) 放線菌 糸状菌 藻類等がありますが 細菌の大きさは2-3μ 生体量は40-500kg/10a   1μ(ミクロン)=0.001mm。
1a=10m×10m=100平方メートル    10a≒31.64m×31.64m=1000平方メートル   畑1枚1反は991.74平方メートル 300坪

土壌微生物は、自ら相手の微生物の生育を阻害する物質を生産し、スペースを取りあったり、エサを奪い合ったりしながら拮抗します。一方、お互いに共存するものもあり、増減を繰り返すことで種類と個体数のバランスを保っています。これを土壌微生物の多様性といいます。多様性が失われ、バランスが崩れた土壌は、植物の病害や生育不良を招きます。多様性を保つことは、良好な生育環境をつくる上で大切なことだそうです(出典 YANMAR 土壌微生物の世界)

土壌微生物からは薬が創られます。例えば 「プログラフ」という免疫抑制剤は 筑波山の土壌に棲む放線菌の代謝物から創られました。アステラス製薬(2005年に山之内製薬と藤沢薬品工業が合併して誕生)は 1984年、持ち帰った筑波山の土壌サンプルから、プログラフの薬効成分であるタクロリムス(FK506)生産菌が発見されました。臓器移植や免疫疾患の際に使用されている免疫抑制剤のプログラフ(タクロリムス)ですが、これは筑波山の土壌微生物(ストレプトマイセス・ツクバエンシス)から分離されたものなのです(出典 アステラス製薬)

伊豆大島で見つかった atagosis PS14T akappagea PS24T の活躍の場を期待したいものです。
(チョモ)
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